Francisco Mangado tiene numerosos premios y menciones en su haber. Además de haber recibido el premio FAD de Arquitectura en 2004 por el Auditorium de Pamplona, ha recibido, entre otros, la Primera Mención Honorífica del Primer Premio de Urbanismo MOPU (1987), la Mención Honorífica del Jurado en el Premio Internacional de Arquitectura “Andrea Palladio” (1991), ganador del proyecto de construcción del Palacio de Congresos de Ávila (2002) y ganador del anteproyecto para  la construcción del Palacio de Congresos y Hotel de Palma de Mallorca (2005).

Francisco Mangado también ha recibido prestigiosos premios fuera de España. Como el Premio de Arquitectura Ciudad de Thiene, en 1993. El primer premio "Architecti” por “Casa Català” junto a una mención especial por “Centro Escolar en Mendillorri”, en Lisboa también en 1993. O la Primera Mención Honorífica del Jurado en el Premio Internacional de Arquitectura Andrea Palladio por “Bodegas Marco Real”, en Vicenza, Italia, en 1991.

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